Mantık kaba taslak aşağıdaki gibi olursa dediklerinizi yapabilirsiniz sanırım;

Preferences a uygulamaya bakılıp bakılmadığını anlayabileceğiniz bir anahtar-değer çifti girin. (örnek : anahtar:bak  deger:0 veya 1)
Eğer kullanıcı uygulamayı açmış ise deger=1 , açmamış ise deger=0 olacak şekilde programlayın.
Günde sadece belli bir saatte çalışan (en ideal saati kendi uygulama istatistiklerinizden bulabilirsiniz) bir SERVICE yazın.
Bu service, belirlenen saatte preferences içindeki degeri kontrol edecek.
Eğer deger=1 ise yani gün içinde uygulama açılmış ise sadece deger=0 yapıcak
Eğer deger=0 ise yani uygulama açılmamış ise Notification çalıştırılacak.

Kolay gelsin