Activity'nin onDestroy() methodunda countDownTimer.cancel() 'ı çağırıp, null'a set edip, yeni Activity başladığında yeni süreyi set edebilirsin.

Anladığım kadarıyla bir popup ekranına ihtiyacın var? Açılmasını istediğin ekran yani layout tasarımını yapıp, gerekli View elamanlarını yerleştirip, inflate edip sonrasında programatik olarak bir PopupWindow oluşturup bu layoutu popup  pencerene geçebilir, layout içerisinde ki View nesnelerine değerlerini set edebilirsin.

Bazı cihaz üreticilerinin aldığı bir önlem sonucu cihazda SimCard olmasına rağmen telefon numarası bilgisi boş dönebilir. Yani her cihazda farklı davranış gözlemlenebilir. 

Bilakis, Network gibi arkaplanda uzun sürecek işlemleri Main thread'i bloke etmeden ayrı bir thread'de ya da  AsyncTask sınıfında kullanman doğru bir hareket. onPreExecute() ve onPostExecute() methodlarında UI nesnelerine erişebilirsin.  doInBackGround() methodunda ise kullanacağın değerleri AsyncTask sınıfının Constructor'ına parametre olarak geçebilirsin.